Kinder und Jugendliche der Klasse 1 bis 10. Dabei bilden mehrere Jahrgangsstufen eine jahrgangsgemischte Klasse. Selbsttätigkeit, Selbständigkeit, individuelles und differenziertes Arbeiten sowie Inklusion sind wichtige Prinzipien der pädagogischen Arbeit. Der von Maria Montessori entwickelte Erdkinderplan für 13-16-Jährige wird an der Schule in der Mittelstufe umgesetzt (Aufbau einer Fahrradwerkstatt). An der Schule gibt es keine Noten, der Lernstand wird durch Lernentwicklungsgespräche und mehrjährige Lernentwicklungszeugnisse dokumentiert.

Zu Montessori Günzburg gehören neben der Schule, die Krabbelgruppen Mini-Montis, das Kinderhaus mit Waldkindergartengruppe und der Montessori Förderverein.